EPISODIO 1: EXILIO
Han pasado tres meses desde el exilio voluntario de Clark en Metropolis, y allí se ha convertido en un ladrón de bancos enmascarado y en el rey de los clubes nocturnos, aunque atormentado por una extraña reacción de su cuerpo al anillo rojo. En ese ambiente acaba recibiendo una millonaria oferta de Morgan Edge (Rutger Hauer), el rey del crimen, para robar una misteriosa cajita del edificio Luthor.
 En Smallville, Lana desespera por Clark, y Chloe es la unica que sabe donde vive pero se lo calla por petición expresa de él. Los Kent han perdido su granja que va salir a subasta, y Lex Luthor ha sido dado por muerto. En realidad está en una isla desierta, acompañado de un extraño hombre llamado Louis, y loco por marcharse. Jonathan decide ir a buscar a Clark y en las cuevas Jor-El, gracias al código de la nave, se comunica con él y le otorga poderes iguales a los de Clark para traerlo de vuelta. Finalmente se encontrarán en el edificio Luthor, y la pelea, de igual a igual, comenzará...
EPISODIO 2: FÉNIX
Jonathan está a punto de ser asesinado por Clark, pero éste, en un último esfuerzo por volver a ser él mismo, destroza de un puñetazo el anillo de kryptonita roja. La S a fuego de su pecho desaparece...
Jonathan, agotado y ya sin poderes, vuelve a casa con Clark. Luthor es rescatado de la isla por un barco de pesca, justo cuando se ha visto obligado a asesinar a Louis por su propia supervivencia, pues era un psicópata. Pero Louis resulta ser solo producto de la imaginación de Lex, febril y enfermo de malaria, que ha luchado contra sus propios demonios. En casa, acabará descubriendo que Helen ha sido la traidora, y que no era más que una viuda negra aunque al final se hubiera enamorado de él. Lex le devolverá la moneda... Finalmente, Lex y su padre se reconcilian, y Lex compra la granja de los Kent y se la devuelve, ganandose el cariño de Jonathan. Clark, por su parte, no cree conveniente seguir con Lana para no herirla, y la deja.
 EPISODIO 3: EXTINCIÓN
Un estudiante del Smallville Highschool está actuando como justiciero cazador de personas afectadas por la radiación de kryptonita. Casualmente, en una de sus ejecuciones salva a Lana de manos de un peligroso mutante que a punto está de matarla. Clark investiga por su cuenta y descubre su identidad y su movil: su padre fue asesinado por Tina, la chica que podia cambiar de forma y que trató en dos ocasiones de matar a Lana. Y además su proximo objetivo es Lex Luthor...
Pero el justiciero también descubre a Clark, su poder, y trata de matarlo disparándole una bala de kryptonita que le atraviesa la mano y le alcanza en el hombro. Clark se debate entre la vida y la muerte pero finalmente su padre le extrae la bala y Clark consigue detener a tiempo al cazador.
EPISODIO 4: SUEÑO
Unos nuevos vecinos viven en la antigua casa de Lana: una chica en coma cuidada por su tío. Misteriosamente, Clark comienza a tener extraños sueños inducidos en los que la chica se comunica con él y le pide ayuda para escapar de un monstruo con capa y capucha roja que la persigue y la acecha. Clark y Lana sospecharán del tío de la chica al averigüar que ella es heredera de una considerable fortuna y que hace tiempo que debería haber despertado de su coma. Por otro lado, Lana trata de acercarse más a Clark y le deja claro que lo quiere y que le esperará hasta que se aclare.
EPISODIO 5: PERRY
Un periodista de la prensa amarilla, borracho y acabado, llega a Smallville a investigar la lluvia de meteoritos. Resulta que por casualidad ve a Clark utilizar sus poderes y éste se ve obligado a acompañarle en su búsqueda de la noticia fácil. El recién llegado no resulta ser otro que Perry White (interpretado por Michael McKeen, esposo de Annette O`toole), afamado periodista del Planet en otro tiempo, pero hoy en día hundido por culpa de Lionell Luthor en un intento de acallar sus reportajes. Perry estará convencido del poder de Clark y pondrá la vida de los dos en peligro, pero una oportuna serie de erupciones solares le han dejado temporalmente sin poderes y consigue salir del paso. Cuando Perry se marcha, le dice algo que a cualquier fan de Superman le arrancará una sonrisa: "Si algún día llegas a Metropolis, búscame. Te debo una".
 EPISODIO 6: 1961: LA RELIQUIA
Tratando de averigüar la verdad sobre un extraño asesinato cometido en 1961, Clark descubre algo asombroso: en su juventud, Jor-El fue enviado a la Tierra por su padre, en una especie de viaje de castigo. Allí, en Smallville, se enamoró de la tia abuela de Lana, Louise, que fue asesinada después por el abuelo de Lex. Y lo más increíble: Hiram Kent, el padre de Jonathan, ayudó a Jor-El a marcharse, y Clark alberga ahora la más que fundada sospecha de que su aterrizaje precisamente en Smallville, y el ser precisamente encontrado por los Kent, no es una coincidencia. Ellos son los elegidos como padres por haber ayudado a Jor-El. Por su parte, Lex ha descubierto que sus abuelos murieron en una explosión provocada. Algo le dice que su padre tuvo algo que ver...
EPISODIO 7: MAGNÉTICO
Lana se siente misteriosa y repentinamente atraída por un compañero de clase de toda la vida después de que este acabe de tener un accidente en el cual se ha visto expuesto a kryptonita. Clark descubre que el joven ha adquirido poderes sobre los campos magnéticos y que está manipulando los impulsos electromagnéticos del cerebro de Lana para que ella esté con él. Pero de todos modos, Clark deberá afrontar la verdad: con o sin coación, Lana acabará encontrando a alguien y a él, por propia voluntad, no le quedará más remedio que aceptarlo y dejarla marchar. Chloe, por su parte, acabará pidiendo protección a Lex después de descubrir peligrosas implicaciones de Lionell con el capo del crimen Morgan Edge.
EPISODIO 8: DESTROZADO
Lex aparece en casa de Clark asegurando que ha intentado ser asesinado. Clark le cree e investiga, pero Lionell aparece para buscar a su hijo y asegurar que necesita tratamiento psiquiátrico puesto que sifre un brote psicótico. Clark ahonda en el asunto y todo indica hacia una conspiración de Lionell con Morgan Edge, que sigue vivo pero ha cambiado de rostro, que están drogando a Lex para hacerle creer y parecer que está loco para evitar que indague más en la turbia muerte provocada de sus abuelos. Lana sufre un accidente por culpa de Lex y está a punto de morir arrollada por un caballo, y decide que Clark tiene razón al asegurar que es peligroso estar cerca de él, y que lo mejor es alejarse. Finalmente, Lionell encierra a Lex en un manicomio donde se supone que debe olvidarlo... todo.
 EPISODIO 9: MANICOMIO
Lex trata de escapar del manicomio, pero no lo logra. Lionel acaba de autorizar el tratamiento de electroshocks para que Lex pierda la memoria más reciente. Por otro lado, tres antiguos enemigos de Clark, Ian, el que podía duplicarse (2ª temporada, episodio 9), el cazador de monstruos del episodio Extinción de esta temporada y Eric, el que le roba los poderes en el episodio Sanguijuela de la primera, se alían para destruir a Clark. Clark se entera de los planes de Lionel y acude al hospital a rescatar a Lex aun a riesgo de mostrar sus poderes, y los tres le reducen con kryptonita. Tratan de robarle los poderes con descargas eléctricas y la kryptonita, como ya ocurrió en Sanguijuela, pero finalmente Clark logra salir ileso, pero no salvar a Lex, que recibe las descargas eléctricas. Al final del capítulo, vemos como Clark y Lex se abrazan y Lex le mira fijamente y le dice que hay algo que nunca podrá olvidar de él... su amistad.
EPISODIO 10: SUSURRO
Clark trata de detener un robo y al utilizar su visión calorífica, ésta se refleja en un pedazo de meteorito y él queda temporalmente ciego. Inmediatamente su cuerpo superdesarrolla los demás sentidos para compensar la pérdida, y Clark descubre con asombro y miedo la potencia de su superoído. Pete será secuestrado y aunque Clark lo ha oído todo, su testimonio no es tenido en cuenta al estar ciego, y deberá solucionar la papeleta él solo. Además, se enfrentará a Chloe, a quien acusará de haberlo espiado tras escuchar una conversación telefónica suya con Lionel Luthor. Al final del capítulo Clark recuperará la visión progresivamente, pero lo veremos con gafas, lo que lo acerca más al Clark clásico.
 EPISODIO 11: BORRAR
Por lo visto Clark y Lana tratan de matar a Chloe sin razón aparente, justo después de haber recibido un extraño mail del instituto Somerholt. Chloe le revela a Clark que ha descubierto pruebas de que en este instituto se están realizando pruebas de control mental y que la quieren matar para que no escriba sobre ello, y él, cómo no, investigará el asunto. Mientras, lana está empezando a intimar con un chico, Adam, al que conoce en rehabilitación tras su terrible accidente con el caballo, y le alquila el apartamento de arriba del Talon. Pese a todo, la joven cree que el chico tiene algún peligroso secreto en su pasado. Chloe renuncia definitivamente a su trato con Lionell, lo que provoca que despidan a su padre, que ella pierda la columna del Planet, y una situación muy peligrosa para la joven periodista, que, sorprendentemente, es prima de... ¡Lois Lane!
EPISODIO 12: EN EL FUTURO
Clark descubre que un compañero suyo de instituto, Jordan, puede ver el futuro. El terror hace presa en Clark cuando Jordan le dice que ve a Lana muriendo en un incendio... muy pronto. Clark será para el pobre muchacho una especie de elegido que está en el mundo para intervenir en los destinos de los demás para salvarlos. Pero Clark debe preguntarse: ¿hasta que punto influyen sus actos en la vida de los demás? Además, al final del episodio el padre de Clark cae desmayado, como muerto, en los brazos de este, diciendo: "No, aún no. Es demasiado pronto..."
 No os perdais la imagen de la visión de Jordan sobre Clark, en la que lo ve volando, desde su propia perspectiva, y vemos la capa y el escudo. Fantástico.
EPISODIO 13: VELOCIDAD
Después de correr en carreras callejeras de coches trucados, Pete se ve involucrado en un peligroso asunto y amenazado de muerte por un peligroso matón, Dante. El joven le pide a Clark que le ayude, utilizando sus poderes para conseguir los 20.000 dolares que necesita para saldar la deuda, lo cual enfurece a Clark, puesto que le pone en una situacion comprometida de la que tendrá que salir, ayudando a su amigo pero sin revelar sus poderes. Mientras tanto, Jonathan se encuentra recuperándose de un ataque al corazón tras el impacto que produce en su organismo los poderes que le otorgó temporalmente Jor-El.
EPISODIO 14: OBSESIONES
Durante una visita a la Luthorcorp, un ascensor pierde el control y cae con Clark y una guapa compañera de clase, Alicia. El muchacho utiliza sus poderes para frenar el ascensor y salvarla, pero ella para encubrirle le teletransporta con un poder que adquirió en la lluvia de meteoros. Entre los dos se inicia una fuete atracción basada en la confesión de sus secretos y en el hecho de que los dos jóvenes se sienten igualespor sus diferencias con el resto de la gente, pero pronto el amor de la joven Alicia se torna peligrosa obsesión y Clark deberá poner freno a la situación... si puede. Lana, por su parte, pide ayuda a Lex para echar a Adam, y nos enteraremos de que el joven trabajaba para Lionel con el propósito de averiguar todo lo que pudiese de Clark. Su recompensa: seguir vivo.
 EPISODIO 15: RESURRECCIÓN
Jonathan debe ser sometido a una intervención a corazón abierto para reparar sus corazón de los daños sufridos tras el ataque, y Clark está muy asustado. Por otra parte, el hermano de un conocido de Clark, Gerry, se está muriendo de una extraña dolencia hepática, y fallece, pero gracias a un extraño medicamento, el mismo que tomaba Adam, revive, pero necesita un trasplante. Gerry, desesperado, secuestra el hospital con una bomba forrada de kryptonita atada a su pecho, amenazando que la hará explotar si no le dan un donante a su hermano... y Jonathan, que se encuentra en la mesa de operaciones, es el adecuado. Clark deberá ingeniarselas para salvar la situación, el hospital, y sobre todo a su padre.
EPISODIO 16: CRISIS
Clark recibe una llamada de Lana que parece provenir de un futuro cercano en el cual es asesinada por Adam de un disparo por la espalda. Él y Chloe investigan y descubren que el joven ha logrado escapar del centro de investigación de la doctora Tang y que por lo visto va a por Lana creyendo que ella tiene su suero, ya que si no se lo inyecta morirá en pocas horas. Clark deberá luchar contrarreloj contra el destino y el tiempo para ser él quien reciba ese balazo.
Por otra parte, Lex, tras ser involucrado en otra trampa por parte de su padre, decide hundirlo y verlo entre rejas. No sabe que Lionel está en fase terminal de una extraña e inidentificada enfermedad hepática, motivo de sus investigaciones con el suero, y al final del capítulo veremos al malvado magnate coger una pistola y apuntarla a su propia cabeza mientras que relee los informes médicos de su salud...
EPISODIO 17: EL LEGADO
Jonathan está sufriendo un comportamiento extraño aparentemente provocado por la llave de la nave de Clark, por la que Jor-El le reclama de alguna manera. Clark vuelve a entrevistarse con el profesor Swann (Christopher Reeve), pero ignora que éste le ha traicionado y se ha aliado con Lionel.
 Lionel no se ha suicidado, sino que ha reabierto las cuevas y está a punto de descubrir los secretos que entrañan, convencido del poder curativo que tienen sobre las enfermedades de la gente, y buscando en ellas una salvación a su mortal enfermedad. Lionel manda registrar la granja de los Kent en una falsa redada del FBI, pero no encuentra la llave, que Jonathan lleva encima. Jonathan se enfrenta a Lionel cuerpo a cuerpo en las cuevas, y durante la pelea la llave echa a volar y se funde con la pared.
 Mientras, Clark está siguiendo a Lex, y descubre que éste está aliado con el FBI para desenmascarar a su padre y poder acusarlo de algún delito. Finalmente Clark saca a su padre de las cuevas, y por lo que Jonathan le confiesa, el trato que hizo con Jor-El... debe ser más terrible de lo que de momento pueden suponer.
Lo más soprendente es que al final del episodio veremos que la llave realmente no se ha fundido con la pared, sino que está en posesion de alguien, y ese alguien es... Virgil Swann.
 EPISODIO 18: LA VERDAD
Chloe, en un intento de averiguar si Luthor está detrás de que su padre no consiga encontrar trabajo en ningún sitio, se cuela en Luthorcorp y accidentalmente es infectada con un gas que le otorga la habilidad de que nadie pueda mentirle. Bajo los efectos del gas desenmascara a la profesora modelo del Instituto, que es una asesina fugada, los sentimientos de Pete hacia ella y casi averigua la verdad sobre Clark. Pero Clark descubre que lo que ella ha inhalado la va a matar, e investigando conoce al antiguo jefe del proyecto que le da una enorme jeringuilla de antidoto que debe inyectar directa en el corazón. Chloe, ya aquejada de fuertes dolores, se dirige a casa de los Kent a averiguar la verdad sobre él por encargo de Lionel, bajo presión de que así su padre volverá a trabajar, pero el hijo de la profesora la saca de la carretera y a punto está de matarla, pero Clark interviene, la salva y le inyecta la aguja, salvandole al vida y eliminando el "suero de la verdad ajena" de su sangre. Chloe se disculpa sinceramente con Clark, porque lo que más le duele es que movida por el afán de saber, había hecho daño a mucha gente, y le asustaba el ser realmente como había sido esos días. Pero Clark, una vez más, la perdona.
EPISODIO 19: MEMORIA
Lex sufre visiones de recuerdos de su niñez, todas relacionadas con su hermano muerto de bebé en extrañas circunstancias, Julian. Los flashes son efectos secundarios de la terapia de recuperación de memoria que está realizando en Sommerholt. Tras una sesión, Lex recuerda la noche de la muerte de su hermano, y detalles de su niñez, que nos ayudan a entender lo realmente desgraciada y traumática que fue la infancia de Lex, un joven y brillante niño que solo quería ser como los demás y ser querido por su padre... y ese es todavía su mayor deseo. Lex asumió ser responsable de la muerte de su hermano, cuando realmente la asesina fue su madre, desequilibrada por culpa de su relación con Lionel y de su manera de educar a Lex como a un luchador y temiendo que ambos hermanos se odiarían siempre. Clark es engañado por Lionel y capturado en Sommerholt por culpa de los efectos de un baño de kryptonita, y Lionel experimenta con él para averiguar la respuesta a la pregunta que tanto ansía saber: ¿de dónde viene Clark Kent? Lex acaba sacando a su amigo de allí, pero Clark tiene tiempo de revivir su primer recuerdo: el momento en el que sus padres lo colocaban en la nave y el amor y el dolor de su madre en la despedida. Y una palabra que resonará en la cabeza de Clark para siempre, el nombre de su madre biológica: Lara.
 EPISODIO 20: TALISMÁN
Jeremiah, un joven estudiante kowatchi, futuro lider de la tribu india dueña de las cuevas, roba de la cueva un cuchillo, el Palca, relacionado con la leyenda de Naman que le confiere los poderes de Clark. La leyenda dice que el guardian del cuchillo recibirá esos poderes para custodiarlo, y que solo Naman podrá poseerlo. Si la némesis de Naman, su amigo que se convierte en enemigo, el llamado Ziget, lo toca, el cuchilo se destruirá. Jeremiah se obsesiona con su poder y se llega a creer Naman, y trata de matar a Lionel, al que considera el Ziget. Clark deberá intervenir y luchar contra Jeremiah, que anteriormente a punto ha estado de matarlo con el cuchillo, aunque sorprendentemente Jonathan lo cura con sus manos haciendo, por lo visto, de intermediario de Jor-El.
Finalmente Jeremiah es derrotado y el cuchillo cae junto a Lionel y Lex. Ambos se lanzan a cogerlo a la vez... y el cuchillo se desintegra. ¿Quién es Ziget?
EPISODIO 21: ABANDONADO
Emily, la niña amiga de Lana fallecida en un accidente jugando con ella y clonada por los experimentos de la Luthor, ha crecido aceleradamente y ha adquirido el poder de atravesar las paredes. Se escapa del centro donde estaba en estudio y va a por Lana, a la que retiene encerrada para evitar que se vaya a Paris. Clark, por su parte, decide contarle la verdad sobre él a Lana para tratar de evitar perderla para siempre. Pete es secuestrado por un agente del FBI al servicio de Luthor que lo tortura para sacarle información de Clark, aunque sin éxito. Lex lo rescata, y gracias a la confesión de culpa por la muerte de sus padres que obtuvo Chloe en el episodio "La Verdad", le da al FBI las pruebas para detener a su padre. Clark salva a Lana y detiene a Emily, pero se da cuenta de que su secreto es demasiado peligroso y que debe dejar a Lana rehacer de una vez y para siempre su vida, después de que Pete le confiese entre lágrimas que se marcha a Wichitah a vivir con su madre porque no soportaría acabar traicionándole, y que el peso de su secreto es ya demasiado para él. En la última secuencia Lex da paso al FBI al despacho de su padre para que lo detengan por el cargo del asesinato premeditado de sus padres. Mientras se lo llevan esposado, Lionel amenaza a su hijo al oído:
 "Cuidado, hijo. Judas se ahorcó con su propio cinturón. No lo olvides..."
EPISODIO 22: CONVENIO
Una bella muchacha rubia se presenta en la granja de los Kent afirmando llamarse Kara y ser de Krypton. Parece saber todo acerca de Clark: su nombre kryptoniano, el de su padre, posee los mismos poderes que Clark y además vuela, e incluso sabe que el pacto que Jonathan hizo con Jor-El era el de devolverselo algún día si le concedía poder para traerlo de vuelta (recordemos el capítulo Exilio)... pero hay algo frío y cruel en ella. Kara incita a Clark a ir con ella a un lugar en el cual todas las respuestas a sus preguntas le serán reveladas. Una oferta muy tentadora.
 Mientras, Lionel está en prisión preventiva a espera de que Chloe testifique, e incluso le confiesa a su hijo su mortal enfermedad de hígado. Lana se va a marchar a París definitivamente. Clark rompe bruscamente su amistad con Lex después de que Lionel le entregue una llave que abre la habitación de la mansión de Lex en la cual estudia a Clark. Clark se ve solo y desolado, perdido en un mundo en el cual sus dos mejores amigos, Pete y Lex, se han ido o le han traicionado, y la chica de su vida vuela a París, y decide aceptar la oferta de Kara. Juntos van a las cuevas y alí abren un portal que les comunica con Jor-El, pero Jonathan interviene, pues ha investigado sobre Kara y descubierto que solo es una pobre muchacha que ha sido manipulada mentalmente de algún modo por Jor-El, pero éste trata de matar a Jonathan con una extraña descarga de energía y Clark cruza la puerta de luz sabiendo que nunca será libre si no acepta lo que Jor-El le tenga dispuesto.  La última secuencia del episodio es fantástica; con una fenomenal música de fondo, vemos una sucesión de acontecimientos increíbles, todos ellos mientras a Lionel le afeitan la cabeza en prisión: Chloe y su padre, acogidos por el programa de protección de testigos, entran en su nueva casa y al cerrar la puerta tras de sí, todo estalla en pedazos; Lex se toma una copa de su whisky y cae envenado haciendo añicos una mesa de cristal mientras se retuerce agarrándose la garganta; Jonathan parece estar muerto en las cuevas, después del ataque de Jor-El; Martha ve con estupor como en su maizal se forma a fuego un símbolo kryptoniano; y por último vemos a Clark, desnudo y envuelto en extrañas luces y brumas que forman un escudo pentagonal, escuchando serio y atento la potente voz de su padre biológico decirle: "Kal-El, hijo mío, ahora serás renacido..."
 FIN DE LA TERCERA TEMPORADA
COMO HABEIS VISTO, LA TERCERA TEMPORADA DE SMALLVILLE HA ESTADO CARGADA DE SORPRESAS Y REVELACIONES. EL DESTINO FINAL DE CLARK, KAL-EL, ESTÁ MÁS CERCA QUE NUNCA, Y LAS PERSONAS DE SU ENTORNO HAN CAMBIADO EN UNO U OTRO MODO ADAPTANDOSE POCO A POCO A LA TRADICIÓN SUPERMANIANA. LO QUE DEPARARÁ LA CUARTA ENTREGA DE ESTA SERIE, SOLO LOS GUIONISTAS LO SABEN POR EL MOMENTO. PERO ES PROBABLE, POR LO QUE HE OÍDO, QUE NO FALTE MUCHO PARA QUE VEAMOS FINALMENTE EN SMALLVILLE A CLARK CONVERTIDO YA EN ...
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